b) Comment?

Pour chaque sujet, la normalisation se déroule en 2 étapes :

1) "Determine parameters" : calcul de la matrice des transformations :

-Si les images fonctionnelles sont correctement recalées par rapport à l'image anatomique du sujet et si l'image anatomique est de bonne qualité, on peut calculer directement cette matrice qui calcule la correspondance entre l'image anatomique u sujet et le template T1.img c'est à dire une image pondérée en T1.

-Si le recalage n'est pas bon ou si l'image anatomique est de mauvaise qualité, calculer la matrice qui établit la correspondance entre l'image fonctionnelle moyenne (meanimage, voir partie sur le recalage) et le template EPI.img, correspondant à une image pondérée en T2*.

Note : Ces 2 templates sont fournis par SPM.

2) "Writing Normalised" :Ecriture des images normalisées en appliquant la matrice de transformation aux images anatomiques et/ou fonctionnelles. Les images normalisées ont le préfixe "n".

Procédons maintenant à la première étape, c'est à dire la création de la matrice de transformation:

1) Cliquer sur "Normalize" en haut à gauche :

2) Choisir l'option "Determine parameters only"

3) Choisir ensuite le Template suivant les cas évoqués auparavant (T1 ou EPI)

4) Choisir ensuite l'image source (L'image mean calculée à l'étape de recalage ou l'image anatomique du sujet suivant le cas)

5) Choisir ensuite l'image source du sujet suivant (tant qu'il y a des sujets) ou cliquer sur "Done" directement si il n'y a plus de sujets.

6) SPM2 calcule...

7) On peut admirer le calcul de la matrice dans la fenêtre de graphiques.

Procédons ensuite à la deuxième étape, c'est à dire la normalisation effective :

1) Recliquer sur "Normalize" et choir cette fois "write Normalize Only".

2) Choisir le fichier contenant le suffixe "_sn" et qui a été crée par l'étape précédente.

3) Choisir ensuite les images fonctionnelles du sujet

. 4) De même qu'avant, réitérer 2) et 3) pour chaque sujet, cliquer directement sur "Done" quand il n'y a plus de sujet.

5) Les nouvelles images créées ont le préfixe "w".